Líder del grupo: Dr. Juan Pablo Cárdenas Astudillo

Los microorganismos habitan un muy amplio repertorio de nichos, incluyendo diferentes zonas corporales de otros seres vivos. En estos ecosistemas, muchos microorganismos poseen patrones de evolución nicho-específicos, que al ser investigados pueden otorgar valiosas claves sobre el origen de sus rasgos fisiológicos, o incluso, entregar nuevas pistas para posibles aplicaciones de tales genes u microorganismos.

Con el propósito de investigar los patrones evolutivos de microorganismos asociados a la salud del hospedero humano, nuestra estrategia consiste es analizar las propiedades de los genes y genomas de estos organismos y compararlos con parientes cercanos que posean otras características o habitan otros ecosistemas. Utilizando métricas evolutivas y modelos para estimar el origen, ganancia o pérdida de genes a través de la evolución de tales grupos, estamos analizando genomas a partir de aislados y MAGs, para indagar sobre la evolución de grupos como Akkermansia y Porphyromonas, con el fin de identificar rasgos asociados a la aparición de estos grupos y su adaptación a sus respectivos nichos.

Biografía

JPCA es bioquímico de la Universidad de Santiago de Chile (USACH) y es Doctor en Biotecnología en la Universidad Andrés Bello (UNAB, Chile). Con experiencia previa en empresas de biotecnología enfocadas en el microbioma humano, JPCA comenzó en Noviembre de 2019 su posición como profesor asistente en el Centro de Genómica y Bioinformática (CGB). Actualmente es Investigador Responsable de un proyecto de Iniciación ANID (#11200209, 2020 - 2023).

1. Vidal-Veuthey B, González D, Cárdenas JP. Role of microbial secreted proteins in gut microbiota-host interactions. Front Cell Infect Microbiol. 2022; 12:964710. doi: 10.3389/fcimb.2022.964710.
2. Maturana JL, Cárdenas JP. Insights on the Evolutionary Genomics of the Blautia Genus: Potential New Species and Genetic Content Among Lineages. Front Microbiol. 2021; 12:660920, doi: 10.3389/fmicb.2021.660920.
3. Bik EM, Bird SW, Bustamante JP, Leon LE, Nieto PA, Addae K, Alegría-Mera V, Bravo C, Bravo D, Cardenas JP, Carson GA, Caughey A, Covarrubias PC, Pérez-Donoso J, Gass G, Gupta SL, Harman K, Hongo DMB, Jiménez JC, Kraal L, Melis-Arcos F, Morales EH, Morton A, Navas CF, Nuñez H, Olivares E, Órdenes-Aenishanslins N, Ossandon FJ, Phan R, Pino R, Soto-Liebe K, Varas I, Vera-Wolf P, Walton NA, Almonacid DE, Goddard AD, Ugalde JA, Zneimer S, Richman J, Apte ZS. A novel sequencing-based vaginal health assay combining self-sampling, HPV detection and genotyping, STI detection, and vaginal microbiome analysis. PLoS One. 2019;14(5):e0215945. doi: 10.1371/journal.pone.0215945.
4. Gupta S, Palmer C, Bik EM, Cardenas JP, Nuñez H, Kraal L, Bird SW, Bowers J, Smith A, Walton NA, Goddard AD, Almonacid DE, Zneimer S, Richman J, Apte ZS. Self-Sampling for Human Papillomavirus Testing: Increased Cervical Cancer Screening Participation and Incorporation in International Screening Programs. Front Public Health. 2018; 6:77. doi: 10.3389/fpubh.2018.00077.
5. Almonacid DE, Kraal L, Ossandon FJ, Budovskaya YV, Cardenas JP, Bik EM, Goddard AD, Richman J, Apte ZS. 16S rRNA gene sequencing and healthy reference ranges for 28 clinically relevant microbial taxa from the human gut microbiome. PLoS One. 2017; 12:e0176555. doi: 10.1371/journal.pone.0176555.